在教学内容上，人文素质教育与专业基础并重。主干课程有三类：
1、传统国学课程：以原典为中心，培养学生研读能力，文史常识教育贯穿其中。
从第二年开始，实行导师制，培养研究和写作能力。
2、英语及西方文化课：全外教授课，全英语教学。
3、常识与实践课程：泛读、美术、音乐、体育、科学、地理等。

国学课程由国内一流大学相关专业博士学位获得者，或副教授以上专家授课。英语及西方文化课由外教授课。

日前，初阳书院研究部正式挂牌成立，同时成立的还有书院与浙江大学联合创办的“历史文献与民俗研究中心”。

研究部职能是开展各种研究项目，在书院教学中占有重要地位。按照书院教学规划，书院高年级学生必须参加科研项目。动手动脚搞科研是培养科研能力是最为扎实有效方法；同时，与高校的科研合作还能够为学生将来进一步深造创造良好条件。

目前研究部已在进行的项目有：元代杭州研究成果整理（与杭州文史研究会合作）、张宗祥全集校点（与浙江图书馆合作）、浙东运河综合研究（与宁波市文保所合作）。书院高年级学生大部分参加以上项目，并在导师指导下承担重要工作。

将来，研究部还将开展社会调查等研究，为书院学生提供更好的科研训练。